تعمل الوحدة على اجراء التدقيق المالي والإداري على كافة فروع ونشاطات المؤسسة المختلفة للحد ومنع المخاطر المختلفه الناتجة عن طبيعه العمل في مختلف الأنشطة التابعه للمؤسسة وتستمد مديرية الرقابه المالية والتفتيش وجودها من نظام الرقابه الداخلية رقم (3) لسنه 2011 بألاضافه الى معايير التدقيق والرقابة الداخلية الصادرة عن ديوان المحاسبة و مؤسسة المتقاعدين العسكريين .